BioSolvetIT SeeSAR(可視化藥物設(shè)計平臺)

只需一次點擊，即可將您的化合物對接！篩選活性物質(zhì)庫，并本能地評估您的結(jié)果。

8、相似性掃描儀模式

根據(jù)分子相似性排列化合物，無需目標結(jié)構(gòu)。

更新日志

v13.1.1版本

共價對接的改進

共價彈頭的自動探測；SeeSAR現(xiàn)在從輸入分子中檢測36種最常用的共價彈頭，并自動將其轉(zhuǎn)化用于共價對接，從而產(chǎn)生共價蛋白質(zhì)-配體復合物。

一旦共價對接開始，檢測和轉(zhuǎn)化就在后臺進行。

用戶現(xiàn)在可以避免手動編輯分子和在輸入分子的適當位置添加連接原子的繁瑣步驟。

帶有接頭[R]的分子仍然像往常一樣支持共價對接。

適合共價對接的自動檢測蛋白質(zhì)殘基

SeeSAR現(xiàn)在檢測結(jié)合位點中的殘基Cys、Ser、Thr、Tyr、Lys、Gln和Asn，并將其制備為錨，用于通過對接以對接模式共價附著分子。

任何適合共價停靠在結(jié)合位點的殘基(來自上面的列表)在可能發(fā)生共價連接的側(cè)鏈上以藍色半透明膠囊突出顯示。

要選擇一個殘基進行共價對接，只需單擊相應(yīng)的膠囊即可。共價對接的殘基分配通過膠囊顏色變?yōu)榉奂t色來直觀指示。

注意:對接過程中，SeeSAR不會確定所選殘基與對接庫中分子的相容性。來自?？繋斓乃蟹肿訉⑼？吭谶x定的殘基上。

外部硬件上的大規(guī)模塢站:引入外部對接模式

?？磕Ｊ介_關(guān)現(xiàn)在可以切換到右側(cè)，以找到SeeSAR的新模式，用于運行大規(guī)模停靠計算外部硬件，如單個強大的機器或集群。

成功使用此模式的先決條件是配置HPSee、BioSolveIT的高性能計算框架，該框架也隨此版本一起推出。

一旦在外部服務(wù)器(遠程機器、集群)上安裝了HPSee，就可以通過SeeSAR的系統(tǒng)設(shè)置中新添加的“Web服務(wù)”選項來配置對服務(wù)器的訪問。

該模式接受各種輸入，包括從其他模式添加的分子、從外部文件加載的分子以及通過HPSee上傳到外部服務(wù)器的庫。

此模式下的所有?？窟\行都在配置的外部硬件上運行，一旦啟動運行，用戶就可以切換到SeeSAR中的其他模式來執(zhí)行其他任務(wù)。

如果用戶愿意，也可以通過在系統(tǒng)設(shè)置的“計算”選項中打開相應(yīng)的自動計算，在服務(wù)器上完成?？孔藨B(tài)的海德優(yōu)化。

注意:一旦在此模式下啟動?？窟\行，建議不要改變所用蛋白質(zhì)的結(jié)合位點。

用戶通過播放按鈕上的進度指示器得知正在進行的對接運行的狀態(tài)。

用戶可以通過單擊橙色按鈕來取消已經(jīng)開始的運行，這將終止運行并從服務(wù)器中刪除所有結(jié)果。

通過由消息中心傳送的適當通知消息，用戶被告知他們啟動的運行完成。

可用性改進:加強對顏色和可見度的控制

SeeSAR現(xiàn)有版本中的序列視圖現(xiàn)在被更恰當?shù)孛麨椤澳繕艘晥D控制”面板。該部分提供了改進的可用性，以控制裝載到SeeSAR中的目標大分子的不同組分的可見性和顏色。

不言自明的下拉項目“可見性”和“顏色”規(guī)定了目標上的哪些成分，即殘基、鏈、分子、金屬和表面，將在其上進行預期的顏色或可見性分配。

雜項改進

將蛋白質(zhì)加載到蛋白質(zhì)或蛋白質(zhì)編輯器模式時，SeeSAR會檢查結(jié)構(gòu)的完整性，如果結(jié)構(gòu)不完整，會通過表格上蛋白質(zhì)條目上的指示器警告用戶。

如果SeeSAR檢測到PDB信息數(shù)據(jù)庫過期，PDB輸入?yún)^(qū)會顯示一個警告三角形。