DnaMan(分子生物學(xué)綜合應(yīng)用軟件)漢化版

DnaMan中文版是一款高度集成化的分子生物學(xué)綜合應(yīng)用軟件。它可用于多序列比對(duì)、PCR 引物設(shè)計(jì)、限制性酶切分析、質(zhì)粒繪圖、蛋白質(zhì)分析等，幾乎涵蓋所有日常核酸、蛋白質(zhì)序列的分析工作。DnaMan還可以不同形式來(lái)顯示序列，包括顯示序列和成分、顯示待分析序列的反向序列、顯示待分析序列的反向互補(bǔ)序列和顯示待分析序列的對(duì)應(yīng)RNA序列等。同時(shí)它可進(jìn)行序列同源性分析，包括兩序列同源性分析和多序列同源性分析。其速度、多功能性、準(zhǔn)確性和高質(zhì)量的呈現(xiàn)，使該軟件成為每個(gè)分子生物學(xué)家都可以依賴(lài)的基本工具之一。
不僅如此，DnaMan提供了20個(gè)序列通道以將活動(dòng)序列保留在內(nèi)存中，簡(jiǎn)化了多種功能分析，并大大提高了工作效率。除此之外，它內(nèi)置的圖形分析，能夠?qū)⒆约旱膶?shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)發(fā)布到軟件上，利用自動(dòng)統(tǒng)計(jì)以及圖表功能獲得詳細(xì)的數(shù)據(jù)走勢(shì)分析，為后期的模擬實(shí)驗(yàn)提供重要的參考數(shù)據(jù)，可以說(shuō)是一款非常優(yōu)秀的生物學(xué)綜合應(yīng)用軟件，對(duì)于從事生物研究工作的朋友會(huì)有極大幫助，所有生命科學(xué)工作者、研究人員需要的一款工具，有需要的朋友可以下載體驗(yàn)哦。

dnaman軟件功能

①、綜合系統(tǒng)
②、Windows，OSX和Linux上的DNAMAN Desktop
③、序列操作
1、序列輸入
DNAMAN序列是用關(guān)鍵字格式化的純文本文件。該程序接受其他常見(jiàn)的序列格式，如GenBank，GCG，CUSTAL，F(xiàn)ASTA，PIR和GDE。DNAMAN利用序列通道將活性序列保留在存儲(chǔ)器中以進(jìn)行快速計(jì)算。數(shù)據(jù)庫(kù)也可用于幫助組織特定研究項(xiàng)目的序列。所有三個(gè)序列輸入接口都可以在DNAMAN Desktop上訪問(wèn)。
2、序列組成和轉(zhuǎn)換
DNAMAN使用簡(jiǎn)單的下拉菜單命令報(bào)告序列組成和分子量。它可以將序列轉(zhuǎn)換為其反向，互補(bǔ)，反向互補(bǔ)，雙鏈和RNA序列。
4、序列搜索
DNAMAN提供了序列搜索和比較的工具，包括核苷酸或氨基酸序列，共有序列，開(kāi)放閱讀框，重復(fù)序列。小干擾RNA(siRNA)選擇工具可用于改善siRNA設(shè)計(jì)的質(zhì)量。用戶(hù)可以在DNAMAN程序中對(duì)NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)或其他基于Web的序列服務(wù)器執(zhí)行BLAST搜索。
5、限制分析
DNAMAN為DNA序列的限制性分析提供直觀的界面。結(jié)果可以顯示為文本，限制圖和限制圖(瓊脂糖凝膠)。其他工具包括電子克隆，從片段重建限制圖，無(wú)聲突變和定向不匹配。
6、順序組裝
DNAMAN使用快速準(zhǔn)確的比對(duì)算法來(lái)組裝大量序列。跟蹤文件可以直接用于匯編?？梢酝ㄟ^(guò)組裝的序列集驗(yàn)證SNP。
【同源性比較】
（1）、點(diǎn)陣圖
可以使用dotplot在DNAMAN中分析大序列的同源區(qū)域。感興趣的序列區(qū)域可以放大并直接對(duì)齊。
（2）、兩個(gè)序列比對(duì)
DNAMAN提供許多快速或最佳算法來(lái)比對(duì)兩個(gè)DNA或蛋白質(zhì)序列。
7、多序列比對(duì)
DNAMAN使用ClustalW算法(Feng-Doolittle和Thompson)進(jìn)行最佳對(duì)齊，使用全局對(duì)齊算法(Wilbur和Lipman)進(jìn)行快速對(duì)齊。DNAMAN中的三種最佳比對(duì)提供了高質(zhì)量的比對(duì)結(jié)果。使用快速比對(duì)方法，您可以快速比對(duì)大量的DNA或蛋白質(zhì)序列?？梢栽诙鄬?duì)齊序列編輯器中進(jìn)一步修改或調(diào)整對(duì)齊。
8、系統(tǒng)發(fā)育分析
DNAMAN使用常用算法計(jì)算同源矩陣并建立所有序列對(duì)之間的相關(guān)距離。它可以產(chǎn)生距離矩陣，并從多個(gè)比對(duì)中繪制系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)或同源樹(shù)。引導(dǎo)分析可用于系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)的置信度值。
9、引物/寡核苷酸分析
PCR Primer Design
DNAMAN為PCR引物選擇提供了許多控制標(biāo)準(zhǔn)。您可以通過(guò)設(shè)置目標(biāo)DNA的區(qū)域，PCR產(chǎn)物的大小，引物特征，反應(yīng)條件和引物配置來(lái)優(yōu)化引物過(guò)濾。
其他功能：可以分析寡聚引物的解鏈溫度，互補(bǔ)性，引導(dǎo)錯(cuò)誤，沉默突變和定向錯(cuò)配。
10、蛋白質(zhì)分析
DNAMAN提供了許多蛋白質(zhì)序列分析工具，包括DNA DNA中所有六個(gè)閱讀框架的翻譯，遺傳密碼表的變異，閱讀框架概述，密碼子使用分析，氨基酸組成，Hydrophathy分析，Charge和pI分析，二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)和反向翻譯。
11、數(shù)據(jù)庫(kù)管理
DNAMAN使用標(biāo)準(zhǔn)關(guān)系數(shù)據(jù)庫(kù)引擎Sqlite3來(lái)管理DNA /蛋白質(zhì)序列和寡核苷酸序列。
12、LBDraw(僅限Windows)
13、在Internet上(僅限Windows)
適用于Windows的內(nèi)置DNAMAN Internet / Intranet瀏覽器
DNAMAN提供了一個(gè)集成的Web瀏覽器來(lái)訪問(wèn)Internet或您的Intranet。您可以從brwoser加載序列以進(jìn)行直接分析，您也可以使用Internet上的服務(wù)器。

軟件特色

1、DNA和蛋白質(zhì)序列編輯
2、DNA序列轉(zhuǎn)化
3、多序列比對(duì)，對(duì)齊編輯和分析
4、系統(tǒng)樹(shù)分析
5、DNA或蛋白質(zhì)序列的點(diǎn)陣比較
6、DNA序列組裝和編輯
7、BLAST通過(guò)網(wǎng)絡(luò)界面在Intranet / Internet Server上進(jìn)行搜索
8、序列和數(shù)據(jù)庫(kù)中的增強(qiáng)型圖案搜索
9、SiRNA選擇器
10、限制分析
11、繪制序列圖與出版品質(zhì)
12、限制模式預(yù)測(cè)
13、電子克隆
14、從限制片段重建限制圖
15、靜音突變分析創(chuàng)建/破壞限制性位點(diǎn)
16、導(dǎo)向不匹配以創(chuàng)建/破壞限制站點(diǎn)
17、翻譯和密碼子使用分析
18、蛋白質(zhì)疏水性/親水性分析
19、蛋白質(zhì)表征：等電點(diǎn)的序列組成和預(yù)測(cè)
20、蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)
21、反向翻譯
22、PCR和測(cè)序引物的設(shè)計(jì)
23、表征DNA或引物序列的熱力學(xué)性質(zhì)
24、分歧分析
25、管理寡核苷酸，DNA和蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)
26、生成隨機(jī)序列

DnaMan中文版教程

1、下載本提供的DnaMan壓縮包，解壓打開(kāi)
2、選擇DNAMAN_setup.exe，運(yùn)行安裝

3、直接點(diǎn)擊next

4、勾選“我接受同意”，點(diǎn)擊next

5、選擇安裝路徑，小編這里默認(rèn)路徑安裝，點(diǎn)擊next

6、點(diǎn)擊install（安裝）

7、等待安裝完成，點(diǎn)擊finish

8、彈出注冊(cè)表，點(diǎn)擊右上角關(guān)閉

9、找到解壓文件，運(yùn)行DNAMAN_patch.exe程序（漢化補(bǔ)?。?br />
10、點(diǎn)擊下一步

11、顯示danman安裝完畢，點(diǎn)擊完成

12、在彈出的界面中選擇“DNAMAN.exe”目標(biāo)文件，并點(diǎn)擊開(kāi)始

13、提示成功補(bǔ)丁，即完成

14、找到桌面程序的快捷方式，運(yùn)行它，若彈出注冊(cè)表，直接隨意輸入即可，點(diǎn)擊確定

15、安裝教程就完成了，可以使用了

注：為避免升級(jí)后程序界面變回英文，已禁用程序升級(jí)功能；如果您要升級(jí)程序，只需將目錄下的LBUpdate.dll重命名為L(zhǎng)BUpdate.exe 后運(yùn)行即可

漢化亮點(diǎn)

1、完美漢化
包括標(biāo)準(zhǔn)資源及非標(biāo)漢化，并對(duì)界面作了調(diào)整美化
2、完全漢化
漢化程度達(dá)到98%以上（個(gè)別專(zhuān)業(yè)術(shù)語(yǔ)保留不譯）
3、完整功能
全功能版，免序列號(hào)，無(wú)任何功能和時(shí)間的限制

DnaMan使用說(shuō)明

一、將待分析序列裝入Channel
1、通過(guò)File|Open 命令打開(kāi)待分析序列文件，則打開(kāi)的序列自動(dòng)裝入默認(rèn)Channel。（初始為 channel1）可以通過(guò)激活不同的channel(例如：channel5)來(lái)改變序列裝入的Channel
2、通過(guò)Sequence|Load Sequence 菜單的子菜單打開(kāi)文件或?qū)⑦x定的部分序列裝入Channel。
可以通過(guò)Sequence|Current Sequence|Analysis Defination 命令打開(kāi)一個(gè)對(duì)話(huà)框，通過(guò)此對(duì)話(huà)框可以設(shè)定序列的性質(zhì)（DNA 或蛋白質(zhì)），名稱(chēng)，要分析的片段等參數(shù)
二、以不同形式顯示序列
1、通過(guò)Sequence|Display Sequence 命令打開(kāi)對(duì)話(huà)框
2、根據(jù)不同的需要，可以選擇顯示不同的序列轉(zhuǎn)換形式,可選擇:
1)顯示序列和成分
2)顯示待分析序列的反向序列
3)顯示待分析序列的反向互補(bǔ)序列
4)顯示待分析序列的互補(bǔ)序列
5)顯示待分析序列的雙鏈序列
6)顯示待分析序列的對(duì)應(yīng)RNA序列
3、參數(shù)說(shuō)明如下
Results 分析結(jié)果顯示
其中包括：
Show summary（顯示概要） Show sites on sequence（在結(jié)果中顯示酶切位點(diǎn)）
Draw restriction map（顯示限制性酶切圖）Draw restriction pattern（顯示限制性酶切模式圖）
Ignore enzymes with more than（忽略大于某設(shè)定值的酶切位點(diǎn)）
Ignore enzymes with less than（忽略小于某設(shè)定值的酶切位點(diǎn)）
Target DNA （目標(biāo)DNA 特性）
circular（環(huán)型DNA），dam/dcm methylation（dam/dcm 甲基化）all DNA in Sequence Channel（選擇此項(xiàng)，在Sequence Channel 中的所有序列將被分析， 如果選擇了Draw restriction pattern，那么當(dāng)所有的channel 中共有兩條DNA 時(shí)，則只能選擇兩個(gè)酶分析，如果共有三個(gè)以上DNA 時(shí)，則只能用一個(gè)酶分析。
三、序列同源性分析
1)兩序列同源性分析
1、通過(guò)Sequence|Two Sequence Alignment 命令打開(kāi)對(duì)話(huà)框
2、參數(shù)說(shuō)明如下
Alignment method 比對(duì)方法，通常可選Quick(快速比對(duì))或Smith&Waterman(最佳比對(duì))，當(dāng)選擇快速比對(duì)時(shí)，設(shè)置較小的k-tuple 值，可以提高精確度，當(dāng)序列較長(zhǎng)時(shí)，一般要設(shè)置較大的k-tuple 值。（dna 序列：k-tuple 值可選范圍2—6；蛋白質(zhì)序列：k-tuple 值可選范圍1—3
2)多序列同源性分析
1、通過(guò)打開(kāi)Sequence|Multiple Sequence Alignment 命令打開(kāi)對(duì)話(huà)框
2、參數(shù)說(shuō)明如下
a、從文件中選擇參加比對(duì)的序列
b、從文件夾中選擇參加比對(duì)的序列
c、從channel 中選擇參加比對(duì)的序列
d、從數(shù)據(jù)庫(kù)中選擇參加比對(duì)的序列
e、清除選擇的序列（鼠標(biāo)點(diǎn)擊左邊顯示框中的序列名選擇）
f、清除全部序列

序列比對(duì)

可以看軟件中help。簡(jiǎn)單說(shuō)，將測(cè)序的序列打開(kāi)，找到你翻譯的atg起始，到比對(duì)，就是將要比的序列分別load到每個(gè)channel，點(diǎn)擊sequence-allignment即可進(jìn)行序列比對(duì)